英雄たちの活躍で、ダークマスクによる崩壊の危機から平和を取り戻した世界。
英雄たちはそれぞれの場所へと戻っていった。
それから数年後……
ナイトワールドの各地で「 “Ｚ族”と名乗る一団が勢力を強め、アーサー王体制の転覆を図っている」という不穏な噂が囁かれはじめる。
ナイトワールドの長であるアーサーガンダムMk-Ⅲは、甥である若きナイトストライクガンダムに調査を命じる。
噂の真相を探るべく、ナイトストライクガンダムはキャメロット城を後にし、旅立つのであった。
